肾囊肿结石的治疗方法主要包括以下几种：
1.观察等待：如果肾囊肿较小，没有引起症状，且结石较小，没有引起尿路梗阻，可以定期复查，观察病情变化。
2.药物治疗：对于一些较小的结石，可以使用药物治疗，如排石颗粒、肾石通等，促进结石排出。
3.体外冲击波碎石：对于较大的结石，可以采用体外冲击波碎石的方法，将结石击碎后排出体外。
4.经皮肾镜取石术：如果结石较大，或存在尿路梗阻等情况，需要进行经皮肾镜取石术，通过微创的方式将结石取出。
5.肾切除术：如果肾囊肿结石导致肾功能严重受损，或合并其他严重疾病，需要进行肾切除术。
需要注意的是，肾囊肿结石的治疗方法需要根据具体情况进行选择，有时可能需要多种方法联合治疗。在治疗过程中，患者需要注意休息，多喝水，促进结石排出。同时，还需要注意饮食，避免食用高草酸、高嘌呤等食物，预防结石复发。如果出现腰痛、血尿等症状，应及时就医，以免延误病情。