脑干肿瘤的病因目前尚未完全明确，但有一些相关因素可能与之有关。目前并没有确切的某一个单一因素能完全解释脑干肿瘤的成因，但了解一些相关情况有助于认识。
遗传因素相关情况
部分脑干肿瘤可能与遗传因素有一定关联。有研究发现，某些遗传性综合征可能增加脑干肿瘤的发病风险。例如，神经纤维瘤病患者发生脑干肿瘤的几率相对高于正常人群。不过，这种遗传相关性并不是绝对的，只是存在一定的关联倾向。
病毒感染方面
有研究推测，某些病毒感染可能与脑干肿瘤的发生有一定关系。比如，EB病毒等病毒感染可能在某些特定的机体免疫状态下，参与了细胞的异常增殖过程，进而可能增加脑干肿瘤的发病风险。但目前这方面的机制还需要更多深入研究来明确，只是发现存在这样一种潜在的关联可能性。
环境因素影响
长期接触某些特殊的环境因素也可能对脑干肿瘤的发生有影响。例如，长期处于有放射性物质污染的环境中，放射性物质可能会损伤细胞的DNA，导致细胞发生异常增殖，从而增加患脑干肿瘤的风险。另外，长期接触某些化学毒物，如一些工业化学制剂等，也可能通过影响细胞的正常代谢和功能，与脑干肿瘤的发生存在一定关联，但具体的作用机制还在不断探索中。