口腔溃疡的治疗药物有多种，其中局部用药相对常用且效果较好。一般来说，使用含有糖皮质激素的药物，比如复方氯己定地塞米松膜，能较快缓解疼痛、促进愈合，但具体哪种药最好需根据个体情况。通常来说，以下几类药物在治疗口腔溃疡中较常用。
局部消炎类药物
复方氯己定含漱液： 它能有效杀灭口腔内的细菌，减轻炎症。使用时取10毫升左右含漱，一次含漱1 - 2分钟后吐出，一天含漱3 - 4次。不过，对氯己定过敏者禁用。西地碘含片： 西地碘含片可以持续释放碘分子，有杀菌抗感染的作用。含服，一次1片，一天3 - 5次。但对碘过敏者不能用。
促进愈合类药物
重组人表皮生长因子凝胶： 能促进口腔黏膜上皮细胞的增殖、迁移，加快溃疡愈合。清洁创面后，取适量凝胶涂于患处，一天使用4次左右。使用时要注意避免接触眼睛。维生素B2片： 可以口服维生素B2片，它参与体内生物氧化与能量代谢等过程，对口腔溃疡的愈合有一定帮助。一般成人一次口服5毫克，一天3次，但如果是儿童服用，需在医生指导下调整剂量。
止痛类药物
利多卡因凝胶： 这是一种局部麻醉剂，能快速缓解口腔溃疡带来的疼痛。用药前先清洁口腔，然后取少量凝胶涂于溃疡表面，能在1 - 2分钟内起到止痛效果，但不能频繁使用，以免产生依赖。苯佐卡因凝胶： 同样是局部止痛药物，涂于溃疡处可迅速减轻疼痛感觉。使用时要注意按照说明书的推荐用量，儿童使用需谨慎，最好在医生指导下应用。