肾窦分离和肾盂分离存在以下区别：
一、病理特点不同：肾窦分离指肾脏内部窦部组织与肾实质分离，致使尿液无法正常排出；肾盂分离则是肾盂与输尿管之间连接断裂，尿液不能从肾盂流入输尿管。
二、病因不同：
1.肾窦分离较常见原因包括肾结石、输尿管结石、肾盂输尿管连接处狭窄、前列腺增生等。
2.肾盂分离病因一般有长时间憋尿、肾盂输尿管连接处狭窄、腹膜后纤维化等。
三、症状不同：
1.肾窦分离常表现为腰痛、尿液混浊、乏力、尿频、排尿时尿线细、淋漓不尽等症状。
2.肾盂分离则常表现为腰痛、腰部肿块、寒战、发热等。
此外，还有治疗不同、检查方法不同、影响范围不同等区别。当身体出现不适症状时，建议及时前往医院就诊，遵循医嘱完善相关检查，必要时进行规范治疗，以免延误病情。
总结：肾窦分离和肾盂分离在病理特点、病因、症状等方面存在差异，还包括治疗等方面的不同，出现不适需及时就医检查和治疗。