怀孕三个月屁股疼可能由以下原因导致：
一、子宫增大：女性怀孕后，胚胎会在子宫内逐步成长，子宫会随之增大。增大的子宫可能压迫梨状肌，使其局部出现缺氧缺血状况，进而致使孕妇屁股疼。对此，可在医生建议下通过适当运动来缓解，比如进行一些孕期适宜的伸展运动等。
二、血液循环不好：孕妇怀孕期间若长时间久坐，或者保暖工作没做好，就会影响屁股局部血液循环，从而引起屁股疼症状。这种情况可通过避免久坐、适当活动来改善，比如经常起身走动一下，注意屁股部位的保暖等。
三、坐骨神经痛：若孕妇本身就患有坐骨神经痛，怀孕后随着子宫增大，会加重坐骨神经痛的相应症状，屁股疼便是其中之一。此时需要专业医生采取按摩或针灸等方法进行治疗。
如果怀孕三个月屁股疼的情况长时间未得到缓解，或疼痛症状较为严重，建议前往正规妇产科就诊，在专业医生指导下进行治疗。同时，孕妇在怀孕期间要注意多休息，避免过度劳累，并且需定期到医院做产检。