肝区隐隐作痛可能由多种原因引起，比如约15% - 20%的病毒性肝炎患者会出现肝区隐痛情况。
一、肝脏本身病变导致
1. 病毒性肝炎
乙肝病毒感染：乙肝病毒在肝脏内复制，会引起肝细胞炎症、肿胀，导致肝包膜受到牵拉，从而出现肝区隐隐作痛。患者可能还会伴有乏力、食欲减退、黄疸（皮肤和巩膜发黄）等症状。丙肝病毒感染：丙肝病毒感染后，也会引发肝脏的免疫炎症反应，进而导致肝区不适，部分患者可能没有明显症状，容易被忽视。
2. 脂肪肝
当肝脏内脂肪堆积过多时，会使肝脏体积增大，牵拉肝包膜，引起肝区隐痛。尤其是肥胖人群、长期大量饮酒者更容易患脂肪肝。患者可能还会有体重超标、血脂异常等表现。
3. 肝囊肿
较小的肝囊肿一般不会引起症状，但当囊肿增大到一定程度时，可能会牵拉肝包膜，导致肝区隐隐作痛。多数肝囊肿是先天性的，也有部分是由于炎症、创伤等引起。
二、胆道系统疾病引发
1. 胆囊炎
胆囊位于肝脏下方，当胆囊发生炎症时，炎症刺激可放射至肝区，引起隐隐作痛。胆囊炎发作往往与饮食有关，尤其是进食油腻食物后，疼痛可能会加重，还可能伴有恶心、呕吐等症状。
2. 胆结石
胆结石在胆道内移动时，可能会堵塞胆管，引起胆道痉挛，进而牵涉到肝区出现隐痛。患者可能会在进食后，尤其是进食高脂食物后，症状更加明显，部分人还会出现黄疸、发热等情况。
三、邻近组织器官病变影响
1. 胸膜炎
胸膜与肝脏相邻，当胸膜发生炎症时，如胸膜炎，炎症刺激胸膜可导致牵涉性肝区疼痛。胸膜炎患者除了肝区隐痛外，还会有胸痛、咳嗽、呼吸困难等症状，胸痛在深呼吸或咳嗽时会加重。
2. 肋骨病变
比如肋软骨炎，炎症累及肋骨周围组织，可能会被误认为是肝区疼痛。肋软骨炎患者局部可有压痛，疼痛可能会因上肢活动、深呼吸等而加重。