指甲里出现细小短黑线且有点疼，可能是多种情况引起，需留意其变化等情况进一步判断。
一、甲下出血导致
多因指甲受到挤压等外伤引起，比如手指被重物砸到等。甲下出血形成的黑线可能伴有疼痛，一般会随着时间推移，随着指甲生长逐渐向指尖移动，最终会消失。如果是儿童，玩耍时易出现此类情况，要避免再次受伤。
二、甲母痣因素
甲母痣是甲母质中的色素细胞产生过多色素导致。表现为指甲上一条纵向的黑线，边界清晰。如果黑线短期内变宽、颜色加深等需警惕恶变可能。成年人出现这种情况要密切观察，儿童若发现也要引起重视，必要时就医检查。
三、真菌感染影响
指甲受到真菌感染（甲癣）时，也可能出现异常改变，如出现黑线伴随疼痛等。这种情况在免疫力较低人群更易发生，比如长期使用免疫抑制剂的人等，要注意保持手部清洁干燥等。
四、其他原因
某些全身性疾病也可能在指甲上有表现，不过相对少见。比如慢性肾上腺皮质功能减退等。如果除指甲黑线疼外还有其他不适症状，要及时就医排查。