碘伏有一些使用禁忌，比如对碘过敏者禁用；黏膜消毒时需注意浓度，高浓度碘伏对黏膜有刺激；孕妇及哺乳期妇女使用需谨慎；新生儿慎用等。
对碘过敏者禁用
碘过敏者接触碘伏后可能会引发过敏反应，如皮肤瘙痒、红肿、皮疹，严重时可能出现呼吸困难等过敏症状，所以对碘过敏者绝对不能使用碘伏进行消毒等操作。
黏膜消毒时浓度需注意
高浓度的碘伏用于黏膜消毒时会对黏膜产生刺激，可能导致黏膜充血、疼痛等不适，所以在用于黏膜消毒时要使用合适浓度的碘伏，避免高浓度对黏膜造成不良影响。
孕妇及哺乳期妇女慎用
虽然目前关于碘伏对孕妇及哺乳期妇女的具体影响研究还在进行，但为了安全起见，孕妇及哺乳期妇女使用碘伏时需谨慎，最好在医生指导下使用，以防止可能存在的未知风险。
新生儿慎用
新生儿皮肤娇嫩，免疫系统发育尚不完善，使用碘伏时需要格外小心，一般除非有明确的医疗需求且在医生严格指导下才能谨慎使用，以免对新生儿皮肤和身体造成不必要的影响。