阴茎根部两侧疼痛可能由多种原因引起，以下是一些可能的原因：
1.前列腺炎：前列腺位于阴茎根部附近，前列腺炎可导致疼痛、尿频、尿急等症状。
2.附睾炎或睾丸炎：附睾和睾丸位于阴茎根部，炎症可引起疼痛、肿胀。
3.精索静脉曲张：精索内的静脉回流受阻，可导致精索静脉曲张，引起阴囊下坠感和疼痛。
4.阴茎硬结症：阴茎海绵体白膜的纤维化病变，可使阴茎勃起时疼痛。
5.外伤：阴茎根部受到外力撞击、挤压或拉伤，可能导致疼痛。
6.感染：尿道炎、膀胱炎等泌尿系统感染，也可能引起阴茎根部疼痛。
7.其他：阴茎根部的肌肉劳损、神经痛等也可能导致疼痛。
如果出现阴茎根部两侧疼痛，建议及时就医，进行详细的检查，如前列腺液检查、超声检查等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，应注意保持局部清洁，避免过度劳累和长时间久坐，避免穿过紧的内裤。
对于特殊人群，如老年人、糖尿病患者、免疫力低下者等，阴茎根部疼痛可能与一些特定的健康问题有关，如前列腺增生、糖尿病性神经病变等。因此，这些人群在出现阴茎根部疼痛时，更应及时就医，进行全面的检查和诊断，以便早期发现和治疗潜在的疾病。
总之，阴茎根部两侧疼痛可能是多种疾病的表现，需要引起重视。及时就医，明确病因，并采取相应的治疗措施，是缓解疼痛、恢复健康的关键。