一、感染因素
（一）尿道炎
男性情况：男性尿道炎可由细菌、支原体、衣原体等病原体感染引起。如果炎症蔓延，可能会导致阴茎根部两侧疼。例如大肠杆菌感染引发的尿道炎，细菌在尿道内繁殖，炎症刺激周围组织，可出现阴茎根部两侧疼痛，同时可能伴有尿频、尿急、尿道分泌物等症状。不同性别虽都可能患尿道炎，但男性尿道较长且弯曲，感染后更易波及周边组织导致局部疼痛。
特殊人群：儿童尿道炎相对少见，多因不注意个人卫生等原因，如女婴尿道短易受污染，若未及时处理可能蔓延影响阴茎根部区域，但儿童症状可能不典型，需密切观察排尿情况等。
（二）附睾炎
男性情况：附睾炎多由细菌感染引起，常见病原体有大肠埃希菌、葡萄球菌等。附睾炎发作时，炎症可累及阴茎根部两侧的组织，导致疼痛，疼痛可放射至阴茎根部两侧。同时可伴有附睾肿大、阴囊红肿等表现。男性若有不洁性生活史等，增加了感染附睾炎的风险，性生活不卫生可能引入病原体引发炎症。
特殊人群：儿童附睾炎极为罕见，若出现需考虑是否有先天性泌尿系统异常等特殊情况。
（三）前列腺炎
男性情况：前列腺炎分为急性和慢性，细菌感染、久坐、酗酒等因素都可能诱发。当前列腺发生炎症时，炎症刺激周围神经等组织，可引起阴茎根部两侧疼痛，还可能伴有排尿异常（如尿频、尿急、尿不尽）、性功能障碍等症状。男性长期久坐、缺乏运动，会影响前列腺局部血液循环，增加前列腺炎的发病几率，进而可能导致阴茎根部两侧疼痛。
特殊人群：儿童一般不会患前列腺炎，此为成年男性常见疾病相关情况。
二、外伤因素
（一）外力撞击
男性情况：男性在运动、性生活或意外事故中，阴茎根部两侧受到外力撞击，如被球类击中、与硬物碰撞等，可导致局部组织损伤，出现疼痛，可能伴有局部肿胀、淤血等表现。男性参与激烈运动时若防护不当，易发生这种情况。
特殊人群：儿童一般较少出现因外力撞击导致阴茎根部两侧疼的情况，若有需考虑是否有意外磕碰等情况。
（二）性生活损伤
男性情况：性生活中动作过于粗暴，可能导致阴茎根部两侧的组织受损，引起疼痛。比如过度用力的摩擦、姿势不当等都可能造成损伤，出现疼痛症状，可能还伴有局部出血等情况。男性在性生活中应注意适度和姿势正确，避免因不当行为导致损伤。
特殊人群：儿童不存在性生活相关情况。
三、结石因素
（一）尿道结石
男性情况：尿道结石可引起阴茎根部两侧疼痛，结石在尿道内移动时，会刺激尿道黏膜，导致疼痛，同时可能伴有排尿困难、血尿等症状。男性尿道有狭窄等解剖结构异常时，更易形成尿道结石，进而出现阴茎根部两侧疼痛。
特殊人群：儿童尿道结石罕见，若出现需考虑先天性尿道畸形等因素。
（二）膀胱结石
男性情况：膀胱结石也可能导致阴茎根部两侧疼，结石刺激膀胱黏膜及周围组织，疼痛可放射至阴茎根部两侧，还可能伴有排尿中断、尿频、尿急等症状。男性年龄增长、前列腺增生等因素可能增加膀胱结石的发病风险，从而引发相关疼痛。
特殊人群：儿童膀胱结石多与营养不良等因素有关，若出现阴茎根部两侧疼需考虑此情况。
四、其他因素
（一）精索静脉曲张
男性情况：精索静脉曲张多见于青壮年男性，是由于精索内静脉回流受阻等原因导致精索静脉迂曲扩张。患者可出现阴茎根部两侧坠胀、疼痛，尤其在站立过久或行走劳累后加重，平卧休息后可缓解，部分患者还可能影响生育能力。青壮年男性因身体发育等因素，精索静脉容易出现异常，增加精索静脉曲张的发病可能。
特殊人群：儿童一般不会患精索静脉曲张。
（二）神经源性因素
男性情况：如坐骨神经病变等，可能影响支配阴茎根部两侧区域的神经，导致疼痛。坐骨神经受到压迫或损伤时，可出现放射性疼痛至阴茎根部两侧，同时可能伴有下肢麻木、无力等症状。男性若有腰椎间盘突出等疾病压迫坐骨神经，就可能引发这种情况。
特殊人群：儿童若出现神经源性阴茎根部两侧疼，需考虑先天性神经发育异常等特殊神经方面的问题。
阴茎根部两侧疼可能由多种因素引起，若出现该症状，应及时就医，进行详细检查，如尿常规、超声等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。