小便以后用纸擦有褐色的分泌物，可能是以下原因引起：
1.生理性原因：
月经间期出血：如果正处于两次月经中间，即排卵期，可能是排卵期出血。这是由于排卵后雌激素水平下降，引起子宫内膜部分脱落，导致的阴道少量出血，通常持续2-3天，可伴有轻微腹痛或腰部酸痛，一般不需要特殊处理。
接触性出血：如果在性生活后出现褐色分泌物，可能是宫颈病变引起，如宫颈炎、宫颈息肉等。此外，放置宫内节育器也可能导致这种情况。
避孕药副作用：使用避孕药后，可能会出现突破性出血，表现为阴道少量褐色分泌物。
2.病理性原因：
阴道炎、宫颈炎：炎症可导致阴道黏膜充血、水肿，分泌物增多，有时可表现为褐色分泌物。
子宫内膜息肉：是一种良性病变，可引起子宫不规则出血，表现为月经间期出血、性生活后出血或绝经后出血。
子宫肌瘤：黏膜下肌瘤或较大的肌壁间肌瘤可导致子宫腔面积增大，子宫收缩不良，从而引起月经血量增多、经期延长，也可能表现为褐色分泌物。
子宫内膜异位症：可导致盆腔粘连、子宫直肠窝结节等，引起月经异常，出现褐色分泌物。
其他：如内分泌紊乱、先兆流产、宫外孕等也可能出现类似症状。
总之，导致小便后用纸擦有褐色分泌物的原因较多，持续出现或伴有其他不适症状时，建议及时就医，进行相关检查，如白带常规、妇科超声、性激素六项等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。此外，需要注意个人卫生，保持外阴清洁，避免性生活过于频繁或不洁性生活。