小便后用纸擦有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.生理性原因：
月经间期出血：两次月经中间，即排卵期，由于雌激素水平短暂下降，使子宫内膜失去激素的支持而出现部分子宫内膜脱落，引起有规律性的阴道出血，这是正常的生理现象，一般无需治疗。
怀孕：怀孕后先兆流产、宫外孕等也可能导致小便后用纸擦有褐色分泌物。
2.病理性原因：
妇科疾病：如阴道炎、宫颈炎、子宫内膜炎、子宫肌瘤、宫颈癌等，都可能导致阴道分泌物异常，出现褐色分泌物。
泌尿系统疾病：如膀胱炎、尿道炎、泌尿系统结石等，也可能引起小便后有褐色分泌物。
其他疾病：如内分泌失调、血小板减少性紫癜等全身性疾病，也可能导致小便后有褐色分泌物。
如果出现小便后用纸擦有褐色分泌物的情况，建议及时就医，进行相关检查，如白带常规、B超、血常规等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意个人卫生，保持外阴清洁，避免性生活，避免食用辛辣刺激性食物。