精子畸形率高的原因主要有以下几点：
1.精索静脉曲张：精索静脉曲张会导致睾丸局部温度升高，血管活性物质增加，从而影响精子的发生。
2.生殖道感染：附睾、输精管、精囊和前列腺等生殖道或生殖腺体的急慢性炎症都可降低精子的运动能力，使精子畸形率升高。
3.内分泌异常：男性正常的生精功能依赖于下丘脑-垂体-性腺轴功能的正常，如果其中任何一个环节出现障碍，都会影响生精功能，导致精子畸形率升高。
4.其他因素：长期吸烟、酗酒、接触化学毒物、阴囊局部长期高热、长期服用某些药物、精索静脉曲张、免疫因素、阴囊温度过高等，也可导致精子畸形率升高。