跑步时膝盖关节疼痛的主要原因有以下几点：
1.跑步姿势不正确：如果跑步时膝盖内扣或过度伸直，会增加膝盖关节的压力，导致疼痛。
2.跑步强度过大：如果跑步的强度过大或频率过高，会导致膝盖关节过度磨损，引起疼痛。
3.缺乏热身和拉伸：在跑步前，如果没有进行充分的热身和拉伸，会导致膝盖关节的灵活性和柔韧性不足，增加受伤的风险。
4.体重过重：过重的体重会增加膝盖关节的负担，导致疼痛。
5.膝关节疾病：如半月板损伤、滑膜炎等，也会导致膝盖关节疼痛。
针对以上原因，可以采取以下措施：
1.学习正确的跑步姿势：保持身体挺直，头部保持正直，手臂自然摆动，膝盖微微弯曲，避免过度内扣或伸直。
2.逐渐增加跑步强度和频率：避免突然增加跑步的强度和频率，给膝盖关节足够的时间适应。
3.充分热身和拉伸：在跑步前进行5-10分钟的热身运动，如快走、原地高抬腿等，然后进行拉伸运动，如腿部肌肉拉伸、膝关节活动等。
4.控制体重：通过合理的饮食和运动控制体重，减轻膝盖关节的负担。
5.治疗膝关节疾病：如果已经患有膝关节疾病，应及时就医，进行相应的治疗。
如果跑步时膝盖关节疼痛持续时间较长或症状加重，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，并根据医生的建议进行治疗。同时，也可以考虑佩戴护膝等辅助工具，保护膝盖关节。