一、生理因素
（一）生物钟因素
人体存在生物钟，它是由体内的生理节律调控系统所维持。正常的生物钟有助于维持睡眠-觉醒周期的规律。如果长期的生活作息不规律，例如经常熬夜、倒班工作等，就可能打乱生物钟。当生物钟被打乱后，到了原本应该在睡眠周期中的3-5点时，就可能出现难以入睡的情况。对于长期上夜班的人群，他们的生物钟与正常的昼夜节律相反，在正常的白天睡眠时，由于周围环境等因素的干扰，也容易在3-5点醒来后难以再入睡。
（二）激素变化因素
褪黑素是一种由人体松果体分泌的激素，它在调节睡眠方面起着重要作用。褪黑素的分泌具有昼夜节律性，通常在夜间分泌增加，帮助人们产生困倦感，促进睡眠。在3-5点时，正常情况下褪黑素应该处于较高水平来维持睡眠。然而，一些人可能存在褪黑素分泌异常的情况。例如，年龄增长可能会导致褪黑素分泌减少，老年人相对年轻人更容易在3-5点醒来且难以入睡，就是因为随着年龄增加，褪黑素分泌功能下降。另外，一些患有内分泌疾病的人群，也可能影响褪黑素的分泌，进而导致睡眠周期紊乱，出现3-5点睡不着的情况。
二、心理因素
（一）压力与焦虑因素
现代社会中，人们面临着各种压力，如工作压力、生活压力等。当压力过大时，大脑处于持续的紧张状态。在夜间，尤其是到了3-5点，大脑可能还处于兴奋状态，无法进入放松的睡眠状态。例如，一个面临重要工作项目截止日期的上班族，白天的压力会持续影响他的情绪和心理状态，到了夜间可能难以放松，导致在3-5点醒来后思绪仍然活跃，难以再次入睡。焦虑症患者也常常存在睡眠障碍，他们更容易在特定的时间点，如3-5点，出现焦虑情绪加重，从而影响睡眠。对于女性来说，在生理期前后可能会因为体内激素变化以及对自身身体状况的担忧等因素，更容易产生焦虑情绪，进而影响睡眠，出现3-5点睡不着的情况。
（二）情绪波动因素
日常生活中的一些情绪波动事件也可能导致3-5点睡不着。比如遭遇了重大的情感挫折、家庭矛盾等。这些情绪波动会使人的心理处于不稳定状态，即使在睡眠中也可能因为大脑对这些事件的反复思考而醒来，并且难以再次入睡。对于儿童来说，如果白天经历了惊吓等情绪刺激，也可能在夜间睡眠中受到影响，出现3-5点醒来后难以入睡的情况，这是因为儿童的心理调节能力相对较弱，情绪波动更容易影响睡眠。
三、环境因素
（一）睡眠环境不适因素
睡眠环境对睡眠质量有着重要影响。如果睡眠环境嘈杂，如临近交通要道、工厂等，到了3-5点时，周围环境的声音可能会干扰睡眠。光线过强也是一个因素，比如夜间有灯光照射到卧室，或者窗外的月光、路灯等光线透进来，都会影响睡眠。温度不适宜也会导致睡眠问题，过冷或过热都会使人感到不适，从而在3-5点醒来后难以再次入睡。对于老年人来说，睡眠环境的微小变化可能更加敏感，例如床垫的舒适度、枕头的高度等，这些因素都会影响他们在3-5点的睡眠状况。
（二）环境变化因素
突然改变睡眠环境，如出差到一个新的地方，新的环境中的各种因素与原来的环境不同，人体需要时间来适应。在适应过程中，就可能出现3-5点睡不着的情况。对于婴幼儿来说，更换睡眠场所等环境变化更容易影响他们的睡眠，因为婴幼儿对环境的适应能力更差，突然的环境变化会使他们在夜间睡眠中出现不适应，导致3-5点醒来后难以入睡。
四、疾病因素
（一）神经系统疾病因素
一些神经系统疾病会影响睡眠。例如，帕金森病患者除了有运动症状外，常常伴有睡眠障碍。在疾病进展过程中，可能会出现夜间睡眠中频繁觉醒，包括3-5点醒来后难以入睡的情况。这是因为帕金森病影响了神经系统对睡眠-觉醒周期的调节。对于患有脑血管疾病的人群，如脑梗死、脑出血等，病变部位如果影响到了与睡眠调节相关的脑区，也会导致睡眠周期紊乱，出现3-5点睡不着的现象。
（二）呼吸系统疾病因素
像阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征，患者在睡眠中会出现呼吸暂停和低通气的情况，导致夜间频繁觉醒，氧气供应不足也会影响睡眠质量。在3-5点时，这种呼吸问题可能更加明显，从而使患者醒来后难以再次入睡。对于儿童患有腺样体肥大等呼吸系统疾病时，也会出现睡眠呼吸方面的问题，影响夜间睡眠，包括3-5点的睡眠状况，因为儿童的上呼吸道相对狭窄，更容易受到呼吸系统疾病的影响。
（三）其他系统疾病因素
一些消化系统疾病，如胃食管反流病，患者在夜间平卧时，胃酸可能会反流刺激食管，引起不适，从而导致睡眠中断，在3-5点醒来后难以入睡。内分泌系统疾病除了前面提到的影响褪黑素分泌外，如甲状腺功能亢进症，患者由于代谢亢进，交感神经兴奋，也容易出现睡眠障碍，包括3-5点睡不着的情况。对于孕妇来说，在妊娠后期可能会因为身体的不适，如腿部抽筋、尿频等，影响睡眠，导致在3-5点醒来后难以再次入睡，这也与身体的一些系统功能变化有关。