药流排不出孕囊的原因主要有以下几点：
1.药流时间过早或过晚：药流只适用于怀孕49天内的宫内妊娠。如果怀孕时间过早，孕囊较小，容易导致药流失败；如果怀孕时间过晚，孕囊过大，药流也难以将其完全排出。
2.药流药物的使用方法不正确：药流需要严格按照医生的指导服用药物，如果药物的剂量、服用时间或服用方法不正确，都可能影响药流的效果。
3.孕囊位置异常：如果孕囊位于子宫角部、宫颈管内或其他异常位置，药流也难以将其排出。
4.子宫畸形：子宫畸形如双子宫、纵隔子宫等，可能影响药流的进行，导致孕囊无法排出。
5.其他因素：患者的个体差异、药流前患有妇科炎症、药流后未注意休息和护理等，也可能影响药流的效果。
如果药流后发现孕囊仍未排出，应及时就医，进行B超等检查，明确原因。医生可能会根据具体情况采取清宫手术等措施，以确保子宫内无残留组织。在进行药流前，应详细咨询医生，了解药流的适用范围、注意事项等，并在药流后注意观察身体状况，如有异常及时就医。同时，药流有一定的失败率，如有需要，可考虑其他终止妊娠的方法。