抗甲状腺过氧化物酶抗体大于1000U/ml时，提示可能存在自身免疫性甲状腺疾病，需要及时就医，医生一般会根据具体情况采取以下措施。
1.进一步检查：医生可能会建议进行甲状腺功能检查（如甲状腺素T3、T4、促甲状腺激素TSH等）、甲状腺超声等，以全面了解甲状腺的功能和结构。
2.诊断病因：根据检查结果和临床表现，医生会综合判断病因。常见的自身免疫性甲状腺疾病包括桥本甲状腺炎、Graves病等。
3.治疗方法：治疗方法因病因而异，主要包括以下几种。
桥本甲状腺炎：一般无需特殊治疗，定期复查甲状腺功能即可。如果出现甲状腺功能减退，可能需要补充甲状腺激素。
Graves病：治疗方法包括抗甲状腺药物、放射性碘治疗、手术治疗等，具体选择哪种方法需要根据患者的具体情况来决定。
其他情况：如果抗体水平持续升高或伴有明显症状，医生可能会考虑使用免疫抑制剂等药物进行治疗。
4.生活调整：在治疗的同时，患者需要注意以下生活调整。
饮食：适当增加含碘食物的摄入，如海带、紫菜等，但避免过度摄入。
休息：保持充足的睡眠，避免过度劳累。
情绪：保持良好的心态，避免紧张、焦虑等情绪。
定期复查：按照医生的建议定期复查甲状腺功能和抗体水平，以便及时调整治疗方案。
需要注意的是，抗甲状腺过氧化物酶抗体只是一种辅助诊断指标，具体的诊断和治疗需要综合考虑患者的临床表现和其他检查结果。患者应积极配合医生的治疗，同时注意生活调整，以促进病情的恢复。如果对抗体升高的情况有疑问或担忧，可与医生充分沟通，了解更多相关信息。