小脑扁桃体下疝畸形手术的费用一般在3万~10万不等，具体费用与手术方式、医院地区等因素有关。
小脑扁桃体下疝畸形是一种先天性后脑发育异常，是由于胚胎发育异常使小脑扁桃体下部下降至枕骨大孔以下、颈椎管内。如果症状不明显，可暂时观察，定期复查。如果症状明显，影响日常生活，就需要手术治疗。手术的目的是为了解除枕骨大孔和上颈椎对小脑、脑干及其他神经组织的压迫，从而缓解症状。
手术的方式有很多种，如单纯扁桃体下疝切除术、寰枕减压加硬脑膜成形术、寰枢椎复位内固定术等。不同的手术方式，费用也不同。一般来说，前路手术费用较高，后路手术费用较低。
此外，不同地区、不同级别的医院，收费标准也不一样。因此，具体的费用需要咨询当地医院。