大便时肛门有疼痛，且血液颜色鲜红，与大便不混合，可能是以下原因引起：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，典型表现为肛门疼痛、便血和便秘。肛门检查时可发现肛裂的裂口。
2.痔疮：内痔和混合痔可出现便血，通常为鲜红色，表现为便后滴血或喷射状出血。肛门检查可发现内痔或混合痔的痔核。
3.肛管或直肠的肿瘤：肛管或直肠的良性或恶性肿瘤也可能导致便血，常伴有肛门肿块、肛门坠胀感等症状。需要进行肛门指诊、结肠镜等检查以明确诊断。
4.其他：肛管或直肠的炎症、损伤、肛门括约肌痉挛等也可能引起便血。
鉴于引起便血的原因较多，且可能提示严重的健康问题，建议及时就医，进行详细的肛门检查、直肠指诊、结肠镜等检查，以明确病因，并采取相应的治疗措施。
在就诊前，应注意保持肛门局部清洁，避免食用辛辣刺激性食物，保持大便通畅。同时，应注意观察便血的情况，如出血量较大、持续时间较长或伴有其他症状，应及时就医。此外，对于50岁以上的人群，尤其是有肠道肿瘤家族史、慢性肠道疾病史或其他高危因素的人群，更应重视便血的情况，及时进行相关检查。