嘴唇上起了两个小水疱，可能是单纯疱疹、黏液腺囊肿等原因引起。针对不同病因，治疗方法也有所不同。以下是一些可能的治疗建议：
1.单纯疱疹：
抗病毒药物：如果是单纯疱疹病毒感染引起，可以在医生的指导下使用抗病毒药物，如阿昔洛韦、伐昔洛韦等，有助于抑制病毒复制，促进水疱愈合。
局部对症治疗：水疱未破时，可局部涂抹炉甘石洗剂、阿昔洛韦乳膏等；水疱破裂后，可涂抹红霉素软膏、莫匹罗星软膏等，以预防感染。
注意口腔卫生：保持口腔清洁，饭后用淡盐水漱口，有助于缓解症状。
避免诱因：避免搔抓、摩擦水疱，避免食用辛辣、刺激性食物，注意休息，有助于促进病情恢复。
2.黏液腺囊肿：
手术治疗：较小的黏液腺囊肿可以通过手术切除，较大的囊肿可能需要进行囊腔切开引流术。
注意口腔卫生：术后应保持口腔清洁，避免感染。
定期复查：术后需要定期复查，观察囊肿是否复发。
需要注意的是，以上治疗方法仅供参考，具体治疗方案应根据病因、病情严重程度等因素确定。在使用药物治疗时，应严格按照医嘱用药，避免自行增减药量。同时，如果水疱持续不愈、症状加重或出现其他不适，应及时就医，以便明确病因，进行针对性治疗。
此外，对于特殊人群，如孕妇、哺乳期妇女、儿童、老年人等，在使用药物治疗时应格外谨慎，应在医生的指导下选择合适的药物和治疗方案。同时，应注意保持口唇湿润，避免口唇干燥，避免咬唇、舔唇等不良习惯。如果是过敏引起的口唇水疱，应避免接触过敏原，并在医生的指导下使用抗过敏药物治疗。
总之，嘴唇上起水疱的原因较多，治疗方法也不同。如果出现这种情况，建议及时就医，明确病因，在医生的指导下进行治疗。同时，应注意保持口唇清洁，避免感染，避免食用辛辣、刺激性食物，注意休息，有助于促进病情恢复。