嘴唇上起了两个小水疱，可能是单纯疱疹病毒感染引起的，也可能是其他原因导致的。以下是一些可能的治疗方法：
1.抗病毒药物：如果是单纯疱疹病毒感染引起的，抗病毒药物可以缩短病程，减轻症状。常用的抗病毒药物有阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦等。这些药物需要在医生的指导下使用，一般需要连续使用5~7天。
2.止痛药物：水疱破裂后可能会引起疼痛，可以使用止痛药物缓解症状。常用的止痛药物有对乙酰氨基酚、布洛芬等。
3.局部治疗：可以使用一些局部治疗药物，如炉甘石洗剂、红霉素软膏等，以保持口腔清洁，预防感染。
4.注意休息：口唇疱疹与免疫力下降有关，因此需要注意休息，避免劳累，保持充足的睡眠。
5.饮食调整：避免食用辛辣、刺激性食物，多吃新鲜的蔬菜和水果，补充维生素。
需要注意的是，口唇疱疹具有传染性，应避免与他人密切接触，尤其是在水疱破裂时。同时，如果水疱持续不愈、症状加重或出现其他异常情况，应及时就医，以便明确病因，进行针对性治疗。
此外，对于孕妇、儿童、老年人等特殊人群，口唇疱疹的治疗需要更加谨慎。在使用药物之前，应咨询医生的意见，避免药物对胎儿、儿童或老年人的身体造成不良影响。同时，这些人群也需要更加注意休息和饮食，增强身体免疫力，预防口唇疱疹的发生。