阴茎表皮下有许多小疙瘩可能是正常的生理现象，也可能是由疾病引起。以下是对这个问题的具体分析：
1.生理现象：阴茎珍珠疹：这是一种常见的良性病变，表现为阴茎冠状沟处的珍珠状、半透明丘疹，通常无自觉症状，对健康无影响，也不会通过性接触传播
皮脂腺异位症：皮脂腺异位症可发生于口腔黏膜、阴茎龟头等部位，表现为针头大小的淡黄色或白色丘疹，一般无自觉症状，也不需要治疗。
2.疾病：尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。尖锐湿疣好发于外生殖器及肛门周围皮肤黏膜湿润区，表现为菜花状、乳头状赘生物，可逐渐增大、增多
阴茎湿疹：湿疹是一种炎症性皮肤病，可发生于阴茎皮肤，表现为红斑、丘疹、水疱、渗出、结痂、脱屑等，伴有瘙痒
阴茎皮脂腺囊肿：皮脂腺囊肿是由于皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀所形成的潴留性囊肿，好发于头面部、阴茎、阴囊等部位，一般无明显症状，继发感染时可出现红肿、疼痛
传染性软疣：传染性软疣是由传染性软疣病毒感染引起的传染性皮肤病，好发于儿童和青年人，可通过直接接触或间接接触传播。传染性软疣表现为半球形丘疹，中央有脐凹，可挤出白色乳酪样物质。
如果发现阴茎表皮下有小疙瘩，建议及时就医，明确诊断。如果是生理现象，一般不需要治疗；如果是疾病引起，需要根据具体情况进行治疗。在治疗期间，应注意保持局部清洁卫生，避免搔抓、摩擦，避免不洁性生活。
对于特殊人群，如儿童、老年人、免疫功能低下者等，应更加关注阴茎皮肤的健康。如果发现异常，应及时就医，以便早期诊断和治疗。此外，定期进行男科检查也是预防和发现男科疾病的重要措施。