黄芪和黄芩都属于中药材，且都具有一定的药用价值，但在来源、功效、应用等方面存在一定区别。
黄芪来源于豆科植物蒙古黄芪或膜荚黄芪的干燥根，其主要功效有补气升阳、固表止汗、利水消肿、生津养血、行滞通痹、托毒排脓、敛疮生肌。现代药理研究表明，黄芪还具有增强免疫力、保肝、利尿、抗衰老、抗应激、降压等作用。黄芪在临床上主要用于治疗气虚乏力、食少便溏、中气下陷、久泻脱肛、便血崩漏、表虚自汗、气虚水肿、内热消渴、血虚萎黄、半身不遂、痹痛麻木、痈疽难溃、久溃不敛等病症。
黄芩来源于唇形科植物黄芩的干燥根，其主要功效有清热燥湿、泻火解毒、止血、安胎。现代药理研究表明，黄芩还具有抗菌、抗病毒、抗炎、抗肿瘤等作用。黄芩在临床上主要用于治疗湿温、暑湿、胸闷呕恶、湿热痞满、泻痢、黄疸、肺热咳嗽、高热烦渴、血热吐衄、痈肿疮毒、胎动不安等病症。
综上所述，黄芪和黄芩在来源、功效、应用等方面存在一定区别。在使用时，应根据具体病症在医生的指导下选择合适的药物。