3个月宝宝流清鼻涕可能会自愈，也可能不会自愈，需要根据具体情况判断。以下是一些相关信息：
1.可能自愈的情况：
轻度感冒：如果宝宝流清鼻涕是由轻度感冒引起的，且没有其他不适症状，免疫系统可能会逐渐清除病毒，鼻涕也会逐渐消失。
自身免疫力：宝宝的自身免疫力可能会发挥作用，帮助抵抗感染，从而使流清鼻涕的症状自愈。
2.可能不会自愈的情况：
严重感冒或其他感染：如果宝宝的流清鼻涕症状持续加重，或伴有咳嗽、发烧、呼吸急促等其他症状，可能是严重感冒、肺炎或其他感染引起的。这种情况下，需要及时就医，接受适当的治疗。
过敏：如果宝宝对某些物质过敏，如花粉、尘螨等，可能会出现流清鼻涕、打喷嚏等过敏症状。在这种情况下，需要避免接触过敏原，并根据医生的建议进行治疗。
其他潜在问题：流清鼻涕也可能是其他潜在问题的症状，如鼻腔结构异常、鼻窦感染等。在这种情况下，需要进一步检查和治疗。
需要注意的是，虽然宝宝的流清鼻涕症状可能会在一段时间后自愈，但如果症状持续时间较长、加重或伴有其他不适症状，应及时就医。医生会根据宝宝的具体情况进行评估，并给出适当的治疗建议。同时，家长可以采取以下措施来帮助宝宝缓解症状：
1.保持鼻腔清洁：使用生理性海盐水滴鼻或喷鼻，帮助清洁鼻腔，缓解鼻塞和流涕症状。
2.增加水分摄入：让宝宝多喝水，保持身体水分充足，有助于缓解鼻涕的浓稠度。
3.注意保暖：根据天气情况，给宝宝适当增减衣物，避免着凉。
4.避免刺激：避免宝宝接触烟雾、粉尘等刺激性物质，保持室内空气清新。
总之，3个月宝宝流清鼻涕是否会自愈需要根据具体情况判断。家长应密切观察宝宝的症状变化，并在需要时及时就医。同时，采取适当的护理措施有助于缓解宝宝的不适症状。