三个月宝宝肚子咕噜咕噜响，可能是正常的肠鸣音，也可能是消化不良、肠道感染等原因引起的。以下是一些可能的治疗方法：
1.调整饮食：如果是母乳喂养，妈妈应注意饮食，避免食用油腻、辛辣、刺激性食物；如果是配方奶喂养，可以尝试更换奶粉品牌或调整奶粉浓度。
2.腹部按摩：以宝宝的肚脐为中心，顺时针方向轻轻按摩宝宝的腹部，促进肠道蠕动，帮助排气。
3.补充益生菌：益生菌可以调节肠道菌群，改善肠道功能。可以在医生的指导下，给宝宝服用益生菌制剂。
4.药物治疗：如果宝宝肠鸣音响的同时，伴有腹胀、腹泻、呕吐等症状，可以在医生的指导下，使用一些药物，如蒙脱石散、双歧杆菌四联活菌片等。
5.就医治疗：如果宝宝肠鸣音响的情况持续不缓解，或伴有其他异常症状，如发热、哭闹不止、精神萎靡等，应及时就医，明确原因，并进行针对性治疗。
需要注意的是，在给宝宝治疗的同时，要注意观察宝宝的病情变化，如有异常，应及时就医。同时，要注意给宝宝保暖，避免腹部受凉。