三个月宝宝肚子咕噜咕噜响，可能是正常的肠鸣音，也可能是消化不良、肠道感染等原因引起的。以下是一些可能的治疗方法：
1.调整饮食：如果是母乳喂养，妈妈要注意自己的饮食，避免吃辛辣、油腻、生冷的食物；如果是配方奶喂养，可以考虑更换奶粉品牌或调整奶粉冲泡比例。
2.腹部按摩：以宝宝的肚脐为中心，顺时针按摩宝宝的腹部，每次5分钟左右，每天按摩3-4次，有助于促进宝宝的肠道蠕动，缓解肚子咕噜咕噜响的症状。
3.服用益生菌：益生菌可以调节肠道菌群，改善肠道功能，对于消化不良引起的肚子咕噜咕噜响有一定的缓解作用。可以在医生的指导下给宝宝服用益生菌。
4.服用药物：如果宝宝肚子咕噜咕噜响的同时，还伴有腹泻、呕吐、发热等症状，可能是肠道感染引起的，需要及时就医，在医生的指导下服用药物治疗。
需要注意的是，以上方法仅供参考，如果宝宝的症状持续不缓解或出现其他异常情况，应及时就医，以免延误病情。同时，要注意给宝宝保暖，避免腹部受凉。