怀孕三个月肚子隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长。在这个过程中，子宫可能会出现间歇性的收缩，引起腹部隐痛。
2.韧带拉伸：随着子宫的增大，子宫圆韧带会被拉伸，可能会导致腹部一侧或双侧出现牵拉痛。
3.消化不良：怀孕后，体内激素水平的变化可能会影响胃肠道的功能，导致消化不良、胃胀、腹痛等症状。
4.其他原因：如先兆流产、宫外孕、子宫肌瘤等，也可能导致腹部疼痛。但这些情况通常还会伴有阴道出血、恶心、呕吐等其他症状。
如果疼痛持续时间较长、程度较重，或伴有其他异常症状，如阴道出血、破水、发热等，应及时就医，进行详细的检查和诊断，以排除潜在的问题。
在孕期，应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动。同时，要保持良好的饮食习惯，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物。如果出现腹部疼痛或其他不适症状，应及时就医，以便早期发现和处理任何潜在的问题。