怀孕3个月肚子隐隐作痛的原因包括正常情况、先兆流产以及妊娠合并疾病。
一、正常情况：随着孕期推进，子宫不断增大，会使韧带受到牵拉，可能导致肚子隐隐作痛。虽然多数出现在孕中后期，但也有少数女性在孕3个月时出现。这种疼痛通常持续时间较短。若没有阴道出血等异常，可先观察，定期进行孕检，同时注意休息，避免剧烈运动。
二、先兆流产：怀孕3个月若发生先兆流产，会有肚子隐隐作痛的表现，同时伴有阴道出血。此时应及时就医，进行血HCG及B超检查。遵医嘱口服药物保胎，注意卧床休息并加强营养。倘若腹痛加重或出血增加，可能表明流产难以避免，需及时终止妊娠。
三、妊娠合并疾病：妊娠期若合并盆腔炎或消化系统疾病如急性胃肠炎、阑尾炎等，也会出现肚子隐隐作痛的情况。应结合自身实际及时就医，明确具体病因后采取针对性治疗。
怀孕3个月时胎儿还不太稳定，日常生活中要注意休息，避免剧烈活动，加强营养。一旦腹痛持续或加剧，应尽快就医明确原因，以免耽误治疗。