耳朵根疼的原因有很多，常见的有以下几种：
1.感染：细菌、病毒等感染可导致外耳道炎、中耳炎等，引起耳朵根疼。
2.损伤：耳部受到外力撞击、牵拉等损伤，可导致耳朵根疼。
3.过敏：对某些物质过敏，如耳环、染发剂等，可引起耳部过敏反应，导致耳朵根疼。
4.神经痛：三叉神经痛、舌咽神经痛等可放射至耳部，引起耳朵根疼。
5.其他：颈椎病、糖尿病、颞下颌关节紊乱等也可引起耳朵根疼。
针对不同原因引起的耳朵根疼，治疗方法也不同。如果是感染引起的，需要使用抗生素进行治疗；如果是损伤引起的，需要注意休息，避免耳部受到刺激；如果是过敏引起的，需要避免接触过敏原，并使用抗过敏药物进行治疗；如果是神经痛引起的，需要使用止痛药物、营养神经药物等进行治疗；如果是其他原因引起的，需要针对病因进行治疗。
如果耳朵根疼持续时间较长或伴有其他症状，如听力下降、耳鸣、头晕等，应及时就医，以便明确病因，进行针对性治疗。