足跟血检查不合格的原因主要有以下几点：
1.苯丙酮尿症：（1）苯丙氨酸羟化酶缺陷，导致苯丙氨酸不能转化为酪氨酸，（2）旁路代谢产物蓄积，（3）高浓度的苯丙氨酸及其旁路代谢产物对中枢神经系统造成损害。
2.先天性甲状腺功能减低症：（1）甲状腺发育不全、异位或甲状腺激素合成途径中酶缺陷，（2）碘缺乏，（3）母亲因素，（4）药物影响。
3.其他遗传代谢病：（1）多种基因突变导致相关酶活性降低或缺失，（2）遗传方式多样，（3）常染色体隐性遗传多见。
足跟血检查是新生儿疾病筛查的重要手段之一，对于早期发现和治疗遗传代谢病具有重要意义。如果足跟血检查不合格，家长应及时带孩子到医院进行进一步的检查和诊断，以便早发现、早治疗，避免对孩子的健康造成严重影响。