3个月宝宝有痰，可能是生理原因，也可能是疾病导致。如果是生理原因，一般不需要特殊处理；如果是疾病引起，需要根据具体情况选择合适的治疗方法，以下是一些常见的祛痰方法：
1.拍背法：让宝宝侧卧或抱起侧卧，家长五指微曲成半环状，即空心拳，然后轻轻拍打宝宝前胸及侧胸背部，两侧交替进行，拍背力量不宜过大，从上而下，从外向内，依次进行。每日拍2-3次，每次拍3-5分钟。拍背法可以促进宝宝肺部和支气管内的痰液松动，向大气管引流并排出，有助于病情的恢复。
2.饮水法：让宝宝多饮水，尤其是23℃左右的凉开水，对咽喉部有良好的湿润和物理治疗作用，有利于局部炎症的消除。咳嗽发憋的宝宝应避免饮用过甜的饮料，以免刺激咽喉部而致咳嗽加剧，影响休息。
3.蒸气法：将沸水倒入一大口罐或茶杯中，抱起宝宝，使其口鼻对着升起的水蒸气并吸放，可使痰液变稀利于咳出，还可减轻气管与支气管黏膜的充血和水肿，减少咳嗽。但千万要小心烫伤，避免发生意外。
4.药物法：在医生的指导下，选择合适的药物进行治疗。如果宝宝咳嗽有痰，影响睡眠和进食，或者咳嗽持续时间较长，需要及时就医，以便明确病因，并进行相应的治疗。
需要注意的是，以上方法仅供参考，如果宝宝的症状持续不缓解或加重，应及时就医。同时，家长应注意保持宝宝的呼吸道湿润，避免烟雾等刺激，保持室内空气流通。