怀孕三个月时肚子偶尔刺痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长。在这个过程中，子宫可能会出现偶尔的刺痛感，这是正常的生理现象。
2.韧带拉伸：随着子宫的增大，子宫圆韧带被牵拉，可能会引起腹部疼痛。这种疼痛通常是钝痛或牵扯痛，位置多在子宫的一侧或双侧。
3.其他：如果孕妇腹部受到外力撞击、过度劳累、姿势不当等，也可能会引起肚子刺痛。
需要注意的是，如果肚子刺痛伴有阴道流血、破水、持续加重或阵发性加剧等情况，可能是先兆流产、宫外孕等异常情况，需要及时就医。此外，孕妇在孕期要注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态，均衡饮食，按时产检。如果肚子刺痛持续不缓解或伴有其他异常症状，应及时就医，以便明确原因并采取相应的措施。