怀孕三个月时肚子偶尔刺痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长。在这个过程中，子宫可能会出现偶尔的刺痛感。
2.韧带拉伸：随着子宫的增大，子宫圆韧带被牵拉，可能会引起腹部疼痛。
3.其他：此外，还可能与孕妇的心理因素、过度劳累、腹部受凉等有关。
如果疼痛持续时间较短，程度较轻，没有其他不适症状，通常不需要特殊处理，注意休息，避免过度劳累，保持心情愉悦，注意腹部保暖即可。但如果疼痛持续时间较长、程度较重，或伴有阴道流血、破水等异常情况，应及时就医，进行相关检查，以排除先兆流产、宫外孕等异常情况。
在孕期，孕妇应注意观察自身情况，如有异常应及时就医。同时，应注意休息，避免剧烈运动和过度劳累，保持心情愉悦，合理饮食，定期进行产前检查，以确保自身和胎儿的健康。