肩膀两侧长痘痘的原因主要有以下几点：
1.内分泌失调：肩膀两侧的皮脂腺分布较多，当内分泌失调时，皮脂腺分泌过多的油脂，容易导致毛孔堵塞，从而引起痘痘。
2.痤疮丙酸杆菌感染：痤疮丙酸杆菌是一种常见的皮肤细菌，当毛孔堵塞时，痤疮丙酸杆菌会大量繁殖，引起炎症反应，导致痘痘的形成。
3.饮食因素：高糖、高油、高盐的饮食会刺激皮脂腺分泌更多的油脂，从而增加痘痘的发生率。
4.作息不规律：长期熬夜、作息不规律会导致内分泌失调，从而引起痘痘的产生。
5.压力过大：长期处于高压状态下，会导致内分泌失调，从而引起痘痘的产生。
6.化妆品残留：如果化妆品没有彻底清洁干净，残留的化妆品会堵塞毛孔，从而引起痘痘的产生。
7.遗传因素：如果父母或家族中有长痘的人，那么自己长痘的几率也会增加。
针对以上原因，可以采取以下治疗方法：
1.调整饮食：少吃高糖、高油、高盐的食物，多吃新鲜的蔬菜和水果，保持饮食均衡。
2.作息规律：保持充足的睡眠，避免熬夜，作息规律。
3.保持心情愉悦：减少压力，保持心情愉悦，避免长期处于高压状态下。
4.彻底清洁皮肤：每天彻底清洁皮肤，去除皮肤表面的污垢和油脂，避免化妆品残留。
5.药物治疗：如果痘痘比较严重，可以在医生的指导下使用外用药物或口服药物进行治疗。
6.物理治疗：如光疗、激光治疗等，对于痘痘的治疗也有一定的效果。
总之，肩膀两侧长痘痘的原因比较复杂，需要综合调理。如果痘痘比较严重，建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。同时，要注意保持皮肤清洁，避免挤压痘痘，以免引起感染。