肩膀两侧长痘痘可能与以下原因有关：
1.痤疮：痤疮是一种常见的皮肤病，好发于青少年，与皮脂腺分泌过多、毛囊皮脂腺导管堵塞、细菌感染和炎症反应等因素有关。痤疮可表现为粉刺、丘疹、脓疱、结节、囊肿等多种形式，常发生于面部、背部、胸部等皮脂腺丰富的部位，也可发生于肩膀两侧。
2.马拉色菌毛囊炎：马拉色菌毛囊炎是由马拉色菌感染引起的一种皮肤病，与高温、多汗、皮脂分泌旺盛、营养不良等因素有关。马拉色菌毛囊炎可表现为半球形丘疹或脓疱，有时可融合成斑块，有不同程度的瘙痒感，好发于胸背部、颈部、肩部等部位。
3.细菌感染：细菌感染也是导致肩膀两侧长痘痘的原因之一，如金黄色葡萄球菌、链球菌等。细菌感染可引起皮肤炎症，导致丘疹、脓疱等症状。
4.其他原因：除了上述原因外，肩膀两侧长痘痘还可能与内分泌失调、药物过敏、自身免疫性疾病等因素有关。
对于肩膀两侧长痘痘的治疗，应根据具体原因进行针对性治疗。以下是一些常见的治疗方法：
1.痤疮：对于痤疮，可采用外用药物（如维A酸乳膏、过氧化苯甲酰凝胶等）、口服药物（如抗生素、异维A酸等）、光疗等方法进行治疗。此外，还应注意保持皮肤清洁，避免挤压痘痘，避免食用辛辣、油腻、甜食等。
2.马拉色菌毛囊炎：对于马拉色菌毛囊炎，可采用外用药物（如酮康唑乳膏、联苯苄唑乳膏等）、口服药物（如氟康唑、伊曲康唑等）进行治疗。同时，应注意保持皮肤清洁，避免使用刺激性的沐浴露、洗发水等。
3.细菌感染：对于细菌感染，可采用外用药物（如莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等）、口服药物（如头孢菌素、青霉素等）进行治疗。同时，应注意保持皮肤清洁，避免搔抓，避免感染扩散。
4.其他原因：对于其他原因引起的痘痘，应根据具体情况进行治疗。如内分泌失调可通过调整生活习惯、饮食等方式进行改善；药物过敏应停用可疑药物，并使用抗过敏药物进行治疗；自身免疫性疾病应在医生的指导下进行治疗。
需要注意的是，肩膀两侧长痘痘的原因较为复杂，治疗方法也因人而异。在治疗过程中，应注意保持皮肤清洁，避免搔抓，避免食用辛辣、油腻、甜食等，同时应注意观察痘痘的变化情况，如症状加重或持续不愈，应及时就医。此外，对于特殊人群，如孕妇、哺乳期妇女、儿童等，在使用药物治疗时应格外谨慎，应在医生的指导下使用。