怀孕5周时通过B超不一定能看到孕囊。
一般情况下，怀孕5周时孕囊可能刚刚到达子宫腔，孕囊较小，通过B超可能无法清晰显示。但如果孕妇月经周期较短，受精卵着床较早，或者平时月经不规律，月经周期较长，受孕时间较晚，那么怀孕5周时通过B超可能会看到孕囊。
此外，需要注意的是，B超检查的结果还可能受到其他因素的影响，如孕囊的位置、孕妇的腹部脂肪厚度等。因此，即使在怀孕5周时通过B超没有看到孕囊，也不必过于担心，可以在医生的指导下，过一段时间后再进行复查，以确定孕囊的位置和发育情况。
总之，怀孕5周时B超是否能看到孕囊因人而异，需要结合具体情况进行判断。如果对检查结果有疑问，应及时咨询医生，以获得更专业的建议。