三个月宝宝一只眼睛肿了，可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的原因和建议：
1.眼部感染：如结膜炎、角膜炎等，可能会导致眼睛红肿、分泌物增多。可以使用抗生素眼药水或眼膏进行治疗。如果症状持续不缓解或加重，应及时就医。
2.过敏：宝宝可能对某些物质过敏，如花粉、尘螨等，导致眼睛红肿、瘙痒。应避免接触过敏原，使用抗过敏药物治疗。
3.外伤：宝宝的眼睛可能受到外伤，如碰撞、划伤等，导致眼睛红肿。应注意观察宝宝的眼睛是否有出血、视力是否受影响等。如果症状严重，应及时就医。
4.泪囊炎：泪囊炎是由于泪道堵塞引起的，可能导致眼睛红肿、流泪。可以通过按摩、使用抗生素眼药水等方法进行治疗。如果症状持续不缓解，可能需要进行手术治疗。
5.其他原因：肾脏疾病、心脏疾病等也可能导致眼睛肿，还可能伴有其他症状，如蛋白尿、呼吸困难等。如果宝宝有其他异常症状，应及时就医，进行全面的检查和诊断。
需要注意的是，宝宝的眼睛肿可能是严重疾病的表现，因此如果发现宝宝的眼睛肿了，应及时就医，进行详细的检查和诊断，以便及时治疗。同时，应注意保持宝宝的眼部清洁，避免用手揉眼睛，避免感染。