巧克力囊肿和多囊卵巢是两种不同的疾病，它们的区别如下：
1.病因不同：
巧克力囊肿：是子宫内膜异位症的一种病变。异位的子宫内膜在卵巢皮质内生长，形成单个或多个囊肿，内含暗褐色黏糊状陈旧血，形似巧克力，故称为“巧克力囊肿”。
多囊卵巢：目前病因尚不明确，可能与遗传、环境等因素有关。主要表现为卵巢多囊性改变、高雄激素血症和排卵障碍等。
2.症状不同：
巧克力囊肿：主要表现为痛经、性交痛、月经失调、不孕等。囊肿较大时，可能会出现腹部包块、腹胀等症状。
多囊卵巢：主要表现为月经失调、多毛、痤疮、不孕等。部分患者可能会出现肥胖、黑棘皮症等症状。
3.治疗方法不同：
巧克力囊肿：治疗方法包括药物治疗、手术治疗等。药物治疗主要用于缓解症状，手术治疗主要用于去除囊肿。
多囊卵巢：治疗方法包括调整生活方式、药物治疗、手术治疗等。调整生活方式主要包括控制体重、合理饮食、适量运动等。药物治疗主要用于调节月经周期、降低雄激素水平、促进排卵等。手术治疗主要用于治疗高雄激素血症和胰岛素抵抗等。
需要注意的是，巧克力囊肿和多囊卵巢都可能会影响生育，因此如果有生育需求，应及时就医，进行相关检查和治疗。