巧克力囊肿和卵巢囊肿的区别主要在于以下几个方面：
1.形成原因：
巧克力囊肿：是子宫内膜异位症的一种病变。异位的子宫内膜在卵巢皮质内生长，形成单个或多个囊肿，内含暗褐色黏糊状陈旧血，形似巧克力，故称为“巧克力囊肿”。
卵巢囊肿：是指卵巢内有囊性的肿物形成，可分为肿瘤性和非肿瘤性两类。长期的饮食结构、生活习惯不好、心理压力过大等因素造成体质过度酸化，人体整体的机能下降，引起肾虚，肝肾同源，肾卵巢囊肿病理虚肝亦虚，进而引起下焦代谢循环变慢，造成卵巢疾病和内分泌失调，免疫功能下降，从而发展为卵巢组织异常增生，终致卵巢囊肿。
2.症状：
巧克力囊肿：多数患者伴有痛经、性交痛、月经失调等症状。囊肿较大时，可能会出现腹部包块、腹胀、腹痛等不适。
卵巢囊肿：症状取决于囊肿的大小、性质、位置等因素。多数患者无明显症状，常在妇科检查或B超检查时偶然发现。当囊肿较大时，可能会出现腹部坠胀、尿频、尿急等症状。
3.治疗方法：
巧克力囊肿：治疗方法包括药物治疗、手术治疗等。药物治疗主要用于缓解症状，手术治疗则根据囊肿的大小、位置、患者的年龄等因素选择合适的手术方式，如卵巢囊肿剔除术、卵巢切除术等。
卵巢囊肿：治疗方法主要根据囊肿的性质、大小、症状等因素决定。生理性囊肿一般可自行消退，无需治疗。病理性囊肿则需要根据具体情况选择治疗方法，如手术治疗、药物治疗等。
4.预后：
巧克力囊肿：巧克力囊肿有复发的可能，术后需要定期复查。
卵巢囊肿：大多数卵巢囊肿为良性病变，预后较好。但如果囊肿发生恶变，则预后较差。
总之，巧克力囊肿和卵巢囊肿是两种不同的疾病，但其症状和治疗方法有一定的相似性。如果出现卵巢囊肿或巧克力囊肿的相关症状，应及时就医，明确诊断，并根据医生的建议进行治疗。