男人小便时尿道疼可能由以下原因引起：
1.尿道炎：尿道炎是尿道黏膜的炎症，多由细菌感染引起。除了尿痛，还可能伴有尿频、尿急、尿道口红肿等症状。尿道炎可分为淋菌性尿道炎和非淋菌性尿道炎，前者是由淋病奈瑟菌感染引起，后者多由支原体、衣原体感染所致。
淋菌性尿道炎：主要通过性接触传播，不洁性行为后常于2~5天发病。尿道口黏膜红肿、发痒及轻微刺痛，继而有稀薄黏液流出，引起排尿不适。约2天后，分泌物变得黏稠，尿道口溢脓，脓液呈深黄色或黄绿色，同时伴有尿道疼痛。
非淋菌性尿道炎：多由沙眼衣原体或支原体感染引起，潜伏期为1~3周。男性患者表现为尿频、尿急、尿痛，尿道口轻度红肿，常有浆液性或黏液脓性分泌物，伴有前列腺炎时可有杘痌、会阴及腰骶部坠胀不适等症状。
2.膀胱炎：膀胱炎是膀胱的炎症，也可导致小便时尿道疼痛。除了尿痛，还可能伴有尿频、尿急、尿不尽等症状。膀胱炎多由细菌感染引起，常见的病原菌有大肠杆菌、副大肠杆菌、变形杆菌、绿脓杆菌、粪链球菌和金黄色葡萄球菌等。
3.前列腺炎：前列腺炎是前列腺的炎症，也可能出现小便时尿道疼痛的症状。此外，还可能伴有会阴部、耻骨上区、腹股沟区、生殖器疼痛不适，排尿时有烧灼感、尿急、尿频、排尿疼痛，可伴有排尿终末血尿或尿道脓性分泌物等症状。
4.尿道结石：尿道结石可导致尿道黏膜损伤，引起小便时尿道疼痛。此外，还可能伴有排尿困难、尿线变细、滴沥、甚至尿潴留等症状。尿道结石还可能导致血尿，表现为尿液呈淡红色或洗肉水样。
5.其他原因：
尿道损伤：尿道器械检查或性生活导致尿道损伤，也可能出现小便时尿道疼痛的症状。
尿道口息肉：尿道口息肉是尿道口黏膜的良性增生，也可能导致小便时尿道疼痛。
尿道憩室：尿道憩室是尿道周围组织的囊性扩张，也可能出现小便时尿道疼痛的症状。
如果出现小便时尿道疼痛的症状，建议及时就医，明确病因，并进行相应的治疗。同时，要注意个人卫生，多喝水，避免憋尿，少吃辛辣刺激性食物。