男性小便时尿道疼可能由饮食辛辣、软组织损伤、上火、尿道炎、肾结石等因素引起，需对症治疗。
一、饮食辛辣：若男性近期护理不当，饮食过于辛辣刺激，会使尿道黏膜受损，出现刺激性疼痛症状。此时要注意做好护理，保持饮食清淡，适当多吃新鲜果蔬，通常可缓解症状。
二、软组织损伤：若男性患处近期遭受外力碰撞或过度摩擦，因外力作用可能导致尿道黏膜充血、水肿，从而引起疼痛。建议适当进行按摩、湿敷，有助于改善血液循环，利于病情缓解。
三、上火：上火指人体阴阳失衡后出现的内热证候。若男性合并上火，可能因内火积聚而出现口苦、头晕、尿痛等症状。男性患者可在医生指导下使用牛黄清胃丸、清热解毒口服液、金银花颗粒等药物来清除内火。
四、尿道炎：这是尿道黏膜的炎症性感染，炎症刺激会导致尿痛、尿频、尿急等现象，可能还伴有发热症状。男性患者可在医生指导下使用头孢克洛颗粒、盐酸米诺环素片、左氧氟沙星片等药物进行治疗。
五、肾结石：是体内部分成分在肾脏中形成结石而导致的一系列以泌尿系统症状为主的疾病。可能因结石影响导致局部软组织损伤而出现尿痛，严重时还可能出现血尿症状。建议男性患者在医生指导下使用金钱草颗粒、排石颗粒、尿石通丸等药物控制病情，必要时可采取体外超声波碎石术促进结石排出。
总之，该症状病因较为复杂，应及时就医治疗，以避免病情进一步加重。