每天早晨醒来肾两侧疼，可能是腰背肌筋膜炎、泌尿系统结石、腰椎间盘突出等原因引起。以下是一些可能的原因和建议：
1.腰背肌筋膜炎：
病因：腰背肌筋膜炎可由寒冷、潮湿、慢性劳损等原因引起，导致腰背部肌肉、筋膜等软组织出现无菌性炎症。
原理：炎症可刺激局部肌肉、筋膜，引起疼痛。早晨起床时，由于肌肉、筋膜长时间处于紧张状态，加上受到寒冷刺激，疼痛可能会加重。
治疗方法：
休息：避免长时间弯腰或久坐，适当休息，减轻腰背肌肉负担。
热敷：用热水袋或热毛巾热敷疼痛部位，每次20~30分钟，每天数次，可缓解肌肉紧张，减轻疼痛。
药物治疗：可在医生指导下使用非甾体类抗炎药（如布洛芬、双氯芬酸钠等）、肌肉松弛剂（如氯唑沙宗、盐酸乙哌立松等）等药物，缓解疼痛和肌肉紧张。
物理治疗：可采用按摩、推拿、针灸、拔罐等物理治疗方法，促进血液循环，缓解疼痛。
康复锻炼：进行腰背肌功能锻炼，如小燕飞、五点支撑法等，增强腰背肌力量，预防病情复发。
2.泌尿系统结石：
病因：泌尿系统结石可由尿液中晶体物质浓度升高、溶解度降低等原因引起，结石可刺激输尿管或肾脏，引起疼痛。
原理：结石引起的疼痛通常较为剧烈，可在活动后加重。早晨起床时，体位改变可能导致结石移动，刺激输尿管或肾脏，引起疼痛。
治疗方法：
一般治疗：多喝水，促进结石排出；调整饮食，减少高草酸、高嘌呤食物的摄入。
药物治疗：可使用解痉药（如山莨菪碱、黄体酮等）、镇痛药（如哌替啶、吗啡等）等药物，缓解疼痛。
体外冲击波碎石：适用于直径小于2cm的结石。
手术治疗：对于较大的结石或保守治疗无效的结石，可采用经皮肾镜取石术、输尿管镜取石术等手术方法治疗。
3.腰椎间盘突出：
病因：腰椎间盘突出可由椎间盘退变、损伤等原因引起，突出的椎间盘可压迫神经根，引起腰部及下肢疼痛。
原理：早晨起床时，体位改变可能导致椎间盘压力变化，加重神经根受压，引起疼痛。
治疗方法：
休息：卧硬板床休息，避免腰部过度负重。
药物治疗：可使用非甾体类抗炎药、营养神经药（如甲钴胺、维生素B1等）等药物，缓解疼痛和神经症状。
物理治疗：可采用热敷、按摩、牵引等物理治疗方法，缓解症状。
手术治疗：对于严重的腰椎间盘突出，保守治疗无效时，可考虑手术治疗。
如果每天早晨醒来肾两侧疼的症状持续不缓解或加重，建议及时就医，明确病因，进行针对性治疗。同时，注意保暖，避免腰部受凉；纠正不良姿势，避免长时间弯腰或久坐；适当锻炼，增强腰背肌力量。