导致早上起来后腰两侧疼的原因，既可能是非病理性因素，如着凉、睡觉姿势不良、床垫过软等，也可能是腰椎间盘突出、滑脱、腰肌劳损等病理因素，需依具体情况分析。
一、非病理性因素：
1.着凉：夜间睡觉时腰部长时间暴露于环境中而着凉，使腰部温度降低，局部血液循环减慢，出现血液、经络瘀阻，从而引发早上起来后腰两侧疼的症状。
2.睡觉姿势不良：夜里睡眠姿势不佳，会让腰部肌肉长期处于紧张状态，难以得到充分放松，进而导致早上起来后腰两侧疼。
3.床垫过软：床垫太软，不利于腰部支撑，同样会使腰部肌肉持续紧张，引起晨起后腰两侧疼痛。
二、病理性因素：
1.腰椎间盘突出、滑脱：早上起来后因姿势不当可能诱发腰椎间盘突出或滑脱的腰部症状，会出现腰两侧疼，可能是椎间盘突出、滑脱导致的牵涉痛，或是肌肉、关节疼痛，同时伴有下肢疼痛、麻木、乏力等表现。
2.腰肌劳损：长期从事重体力劳动致腰部肌肉、韧带等软组织损伤，腰椎压力逐渐增大，便会引起早上起来后腰两侧疼，一般疼痛呈反复性，且伴有脊柱生理性弯曲、活动受限等症状。
3.其他疾病：如长时间未运动导致的腰椎小关节紊乱，或是腰部受到外伤刺激等，都可能引发早上起来后腰两侧疼。
如果患者疼痛症状较轻，经短暂休息或运动后可消失，通常问题不大。但若早上起来后腰两侧疼症状较明显且短期内无好转，建议前往医院骨科就诊，必要时可服用非甾体类消炎镇痛药物，如布洛芬、阿司匹林等以缓解不适症状。
总结：早上起来后腰两侧疼的原因多样，包括非病理性和病理性因素，要根据具体情况判断，若症状明显且持续不缓解应及时就医处理。