HPV检查阴性但有疣体，可能是尖锐湿疣，也可能是其他疾病，需要进一步检查和诊断。以下是一些可能的情况和建议：
1.尖锐湿疣：尖锐湿疣是由HPV感染引起的一种性传播疾病，通常表现为外生殖器或肛门周围的疣状赘生物。HPV检查阴性可能是因为疣体中的HPV病毒含量较低，或者检测方法不够敏感。此时，医生可能会建议进行醋酸白试验、病理检查等进一步明确诊断。如果确诊为尖锐湿疣，治疗方法包括物理治疗（如冷冻、激光、电灼等）、外用药物治疗（如咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等）或系统治疗（如抗病毒药物、免疫调节剂等）。治疗后需要定期复查，以确保疣体完全清除，并且减少复发的风险。同时，应注意个人卫生，避免不洁性行为，以预防HPV感染和尖锐湿疣的复发。
2.扁平湿疣：扁平湿疣是二期梅毒的一种皮肤表现，也可出现外生殖器或肛门周围的疣状赘生物。HPV检查阴性有助于排除尖锐湿疣，但仍需要进行梅毒螺旋体检测等进一步明确诊断。如果确诊为扁平湿疣，治疗方法主要是使用青霉素等抗生素进行驱梅治疗。
3.其他疾病：除了上述两种情况，HPV检查阴性但有疣体还可能是其他疾病引起的，如假性湿疣、鲍恩样丘疹病等。这些疾病的治疗方法和预后各不相同，需要根据具体情况进行诊断和治疗。
总之，HPV检查阴性但有疣体时，需要及时就医，进行详细的检查和诊断，以确定病因并采取相应的治疗措施。同时，应注意个人卫生，避免搔抓疣体，以免疣体扩散或感染他人。对于性伴侣，也应进行检查和治疗，以避免交叉感染。