精子畸形率99%是一种比较严重的情况，调理的难度较大，但并非无法改善。以下是一些可能的调理方法：
1.就医治疗：首先，建议及时就医，进行全面的检查，以确定导致精子畸形率高的具体原因。医生可能会根据检查结果，制定个性化的治疗方案。
2.改变生活习惯：保持良好的生活习惯对于改善精子质量非常重要。戒烟限酒，避免长期暴露在高温、辐射等环境中，避免过度劳累，保持充足的睡眠，适当运动等。
3.调整饮食：饮食对精子质量也有一定的影响。可以多摄入富含维生素C、维生素E、锌等营养素的食物，如蔬菜、水果、坚果等。
4.避免有害物质：尽量避免接触有害物质，如农药、化肥、有机溶剂、重金属等。
5.药物治疗：根据医生的建议，可以使用一些药物来改善精子畸形率，如抗氧化剂、维生素等。
6.辅助生殖技术：如果经过一段时间的调理，精子畸形率仍然较高，可能需要考虑辅助生殖技术，如试管婴儿等。
需要注意的是，精子畸形率的调理需要一定的时间和耐心，同时也需要夫妻双方的共同努力。在调理过程中，应遵循医生的建议，按时复查，以便及时调整治疗方案。
此外，对于一些特殊人群，如长期接触有害物质的职业人群、有遗传疾病家族史的人群等，应更加重视精子畸形率的问题，并在医生的指导下进行针对性的调理和治疗。同时，也应该关注心理健康，保持积极的心态，这对于调理精子质量也有一定的帮助。