怀孕45天出现褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：
胚胎因素：胚胎染色体异常是早期流产的主要原因。
母体因素：全身性疾病、内分泌异常、生殖器官畸形、强烈应激等。
父亲因素：精子染色体异常。
环境因素：过多接触放射线和砷、铅、甲醛、苯等化学物质。
2.异位妊娠：
受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，俗称宫外孕。以输卵管妊娠最常见。
主要症状为停经后阴道流血、腹痛，常发生于异位妊娠流产或破裂之前。
3.葡萄胎：
是一种良性滋养细胞疾病，根据停经后阴道流血、子宫大于停经月份、变软，血清HCG水平异常升高等，多可做出诊断。
部分性葡萄胎多无明显停经史，子宫大小与停经周数相符，但小于停经月份，常无阴道流血或仅有少量阴道流血。
4.宫颈息肉：
是慢性宫颈炎表现的一种，主要症状为阴道分泌物增多、或白带夹有血丝，或有性交出血。
妇科检查可发现宫颈息肉，质软、触之易出血。
5.其他：
阴道炎、宫颈炎。
内分泌失调：黄体功能不足、甲状腺功能减退等。
其他：高龄孕妇、吸烟、饮酒等。
需要注意的是，褐色分泌物也可能是其他原因引起，如着床出血、生化妊娠等。如果出现怀孕45天有褐色分泌物的情况，建议及时就医，进行相关检查，如血HCG、B超等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和剧烈运动，禁止性生活，保持心情愉快。