抗甲状腺过氧化物酶抗体大于1000可能是桥本甲状腺炎、甲状腺功能亢进症、自身免疫性疾病等原因引起的，需要根据具体情况选择合适的治疗方法，以下是一些可能的治疗方法：
1.桥本甲状腺炎：
一般治疗：注意休息，避免过度劳累，保持心情愉悦，避免紧张、焦虑等不良情绪。
药物治疗：如果甲状腺功能正常，一般不需要治疗；如果甲状腺功能减退，需要补充甲状腺激素，如左甲状腺素钠片等。
手术治疗：如果出现甲状腺肿大、压迫症状或怀疑恶变，需要进行手术治疗。
2.甲状腺功能亢进症：
抗甲状腺药物治疗：如甲巯咪唑、丙硫氧嘧啶等，抑制甲状腺激素的合成。
放射性碘治疗：破坏甲状腺组织，减少甲状腺激素的产生。
手术治疗：适用于药物治疗无效或复发、甲状腺肿大明显、有压迫症状或胸骨后甲状腺肿等。
3.自身免疫性疾病：
糖皮质激素治疗：如泼尼松龙，减轻炎症反应。
免疫抑制剂治疗：如环孢素A、他克莫司等，调节免疫功能。
其他治疗：针对原发病进行治疗，如系统性红斑狼疮、类风湿关节炎等。
需要注意的是，抗甲状腺过氧化物酶抗体大于1000只是一种辅助诊断指标，具体的治疗方法需要根据患者的临床表现、甲状腺功能、其他自身抗体等综合判断。建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。同时，患者应注意饮食，避免食用含碘丰富的食物，如海带、紫菜等。定期复查甲状腺功能和抗体，以便及时调整治疗方案。