复杂性肛瘘的治疗方法主要有以下几种：
1.瘘管切开术：是将瘘管全部切开开放，靠肉芽组织生长使伤口愈合的方法。适用于低位肛瘘，可在探针引导下，用肛瘘切开刀或瘘管切除术。
2.挂线疗法：是利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘的方法。适用于距肛门3-5cm内，有内外口低位或高位单纯性肛瘘，或作为复杂性肛瘘切开、切除的辅助方法。
3.肛瘘切除术：切开瘘管并将瘘管壁全部切除至健康组织，创面不予缝合；若创面较大，可部分缝合，部分敞开，填人油纱布，使创面由底向外生长至愈合。适用于低位单纯性肛瘘。
4.其他治疗：
若肛瘘切开或切除术后形成肛管直肠环纤维化或狭窄，可用挂线疗法。
若肛瘘有急性感染发作，应予切开引流。
若肛瘘为结核性，则按抗痨常规处理。
需要注意的是，复杂性肛瘘的治疗方法应根据具体情况选择，有时可能需要多种方法联合应用。在治疗过程中，患者需要注意饮食清淡，保持肛门局部清洁，避免久坐、久蹲等。同时，建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。