指甲盖上有小坑，可能是以下原因引起的：
1.甲癣：由皮肤癣菌感染甲板所致。皮肤癣菌可产生角蛋白酶，分解甲板中的角蛋白，导致甲板出现小坑、变形、变色等症状。
2.银屑病：一种慢性炎症性皮肤病，可累及指甲，导致指甲出现凹陷、增厚、变色、分离等改变。
3.扁平苔藓：一种皮肤黏膜慢性炎症性疾病，也可累及指甲，表现为甲板点状凹陷、纵嵴、甲床增厚等。
4.斑秃：病因尚不清楚，可能与遗传、免疫、精神因素等有关。斑秃可导致头发成片脱落，同时也可能累及指甲，出现甲板上有小坑的症状。
5.湿疹：由多种内外因素引起的皮肤炎症反应。湿疹可发生在指甲周围，导致甲板营养不良，出现小坑、粗糙、增厚等改变。
6.营养素缺乏：某些营养素缺乏，如铁、钙、维生素等，也可能导致指甲出现异常，如小坑、变薄、易碎等。
7.其他原因：手足口病、扁平苔藓样药疹、连续性肢端皮炎、甲营养不良等也可能引起指甲盖上有小坑。
如果发现指甲盖上有小坑，建议及时就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意保持指甲清洁卫生，避免过度修剪指甲，避免接触刺激性物质。