月子期间头痛可能会留下病根，具体情况需要根据头痛的原因、严重程度以及治疗措施来判断。以下是一些可能的影响因素：
1.病因：如果月子期间的头痛是由感染、高血压、贫血、低血糖、颈椎病等疾病引起的，而这些疾病没有得到及时有效的治疗，可能会导致病根残留，日后容易复发。
2.头痛程度：如果头痛非常剧烈，或者持续时间较长，可能会对头部神经和血管造成一定的损伤，增加日后头痛的风险。
3.治疗措施：如果月子期间的头痛得到了及时的治疗，如通过药物、按摩、针灸等方法缓解了疼痛，并且在日常生活中注意休息、保暖、避免劳累等，可能会减少病根的形成。但如果治疗不及时或不恰当，可能会导致病情迁延不愈，留下病根。
需要注意的是，每个产妇的身体状况和恢复情况都不同，如果月子期间出现头痛，应及时就医，明确病因，并在医生的指导下进行治疗和护理。同时，产妇在月子期间应注意休息，保持良好的生活习惯，避免过度劳累和精神紧张，以预防头痛的发生。